События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона. «Мифрил» узнаёт о секретной организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков). Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом... Когда миссия Сосукэ по защите Тидори отозвана «Мифрилом», всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места...

Full Metal Panic! The Second Raid
フルメタル・パニック! TSR The Second Raid
Стальная тревога. Новый рейд
Сталева тривога! Нове завдання
全金属狂潮3
풀 메탈 패닉 더 세컨드 레이드(TSR)
Full Metal Panic! Drugie Podejście
Full Metal Panic! TSR
Пълна метална паника! Нова задача
Стальна тривога: другий рейд
Стальная тревога! Новое задание
全金属狂潮TSR
풀 메탈 패닉! The Second Raid